本发明涉及烟草多酚代谢途径蛋白基因NtPPOE及其应用,该基因碱基序列如SEQ ID NO.1所示。烟草多酚代谢途径NtPPOE由602个氨基酸残基组成,包括三个保守功能域:178‑388位第一个保守蛋白功能域,395‑445位其第二个保守蛋白功能域,466‑597为其第三个保守蛋白功能域。该蛋白基因NtPPOE与植物叶片中多酚中绿原酸含量高度负相关相关,降低该蛋白基因NtPPOE表达后,叶片中绿原酸含量显著升高。本发明通过对特定烟草多酚代谢途径蛋白基因NtPPOE的初步研究,发现其与绿原酸含量高度相关,在将该基因沉默后,烟草中绿原酸含量极显著升高。